提出重复基因的分型方法，可将共同扩增位点的等位基因归入各自的位点（Huang et al. 2019b Molecular Ecology Resources），从而得到每个位点的基因型。解决了MHC基因分型中存在的多位点共同扩增，等位基因电泳条带相互混杂无法区分的问题，并使用该方法通过MHC基因研究川金丝猴的配偶选择（Zhang et al. 2018 BMC Evolutionary Biology）；

提出分析动物行为生态分析相关方法，提出分析物种隔离因素的高阶偏Mantel检验方法，使用景观、地理、障碍各种因素解释遗传距离，阐明秦岭川金丝猴遗传结构的现状及其影响因素，回答人为干扰引起的生境破碎化和自然景观格局形成的隔离导致秦岭川金丝猴遗传分化和遗传多样性丧失的理论问题（Huang et al. 2016 Integrative Zoology）；

提出分区 Mantel检验方法，解决了分块矩阵的相关性检验问题，可用于分析存在单元划分的（如川金丝猴的一雄多雌单元）的动物行为的影响因素（如友好行为几乎全发生在单元内的个体间），发现川金丝猴单元内个体间存在亲选择行为（Guo et al. 2015 American Journal of Physical Anthropology），对川金丝猴友好行为的影响因素进行了解释（Ren et al. 2017 Current Zoology）。